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Affile, come tutti gli altri centri dell'alta Valle dell' Aniene, e stato abitato sin dall'eta preistorica.
I numerosi reperti rinvenuti nella regione ne attestano i vari insediamenti. Nel periodo storico la regione fu sede degli Equi, popolo italico che difese lungamente la sua indipendenza contro l'espansione di Roma.

Testimonia questo periodo preromano ad Affile, "un frammento pelasgico rasente la strada"aperta nel 1840 in localita La Croce. (Fabio Gori - 1855). Il reperto,con i lavori di allargamento della strada, e andato distrutto; tuttavia, a testimonianza dell'antico "oppidum" equo, si riscontra ancora oggi un considerevole avanzo poligonale in prossimita della Chiesa di S. Maria. Nel 304 a.C. gli Equi vennero definitivamente sottomessi e nell'anno 299 fu costituita la "Tribu Aniense" con la creazione di numerose colonie romane. Plinio (Nat. Hist. - III, 5), descrivendo le colonie della Campania, nomina gli "Affilani".

Nel Trattato "de Coloniis" compare il nome di Affile: " Affile oppidum lege Sempronia: in centuriis et in lacineis agere ius est adsignatus, iter populo non debetur" - (Castro di Affile, secondo la legge Sempronia: il suo territorio e assegnato in centurie e in appezzamenti, al popolo non e ammesso il passaggio).

Varie iscrizioni attestano la presenza di personaggi autorevoli nella colonia romana di Affile, tra questi: LUCI0 AFFILANO della "Tribu Aniense", che per i suoi meriti, ebbe un monumento eretto in suo onore a spese pubbliche; MARCO VALERIO ADMETO, ambasciatore dei Pretori e dei Consoli, il medesimo fu anche Seviro Augustale.

Ancora oggi testimoniano la grandezza della colonia affilana, consistenti murature romane sulle quali sono costruite le attuali abitazioni. I resti erano particolarmente evidenti nel secolo scorso ed a piu riprese furono rinvenuti mosaici, monete romane di epoche diverse, statuette di bronzo, nonche una necropoli del periodo imperiale nella contrada "Colle Martello".

In localita "S. Sebastiano" i resti di un edificio circolare fecero supporre l'esistenza di un anfiteatro, anche per la numerosa presenza nel terreno, di lunghi denti di fiere.

Come ricordato per il "muro pelasgico", nel marzo del 1840, in occasione della costruzione della strada Subiaco - Affile, furono trovati altri consistenti resti di costruzioni romane che, per i condotti rinvenuti e per la denominazione "Bagno" attribuita alla localita, si ritennero bagni pubblici. Nulla rimane oggi di queste testimonianze, tuttavia, in occasione di ristrutturazioni o demolizioni di fabbricati moderni, vengono ancora alla luce frammenti di colonne, capitelli e cornici, testimonianze del periodo romano.

Il Cristianesimo, data la particolare religiosita delle popolazioni, si dimise assai presto nella Valle dell' Aniene. Le grandiose opere realizzate nella zona richiesero la presenza di migliaia di schiavi. L'esistenza di cristiani nella corte di Nerone e documentata da un passo dell'Epistola di S. Paolo ai Filippesi (IV, 22): "Vi salutano tutti i santi e specialmente quelli della casa di Cesare". E probabile, quindi, che la regione abbia conosciuto direttamente l'opera degli evangelizzatori inviati dagli stessi apostoli. Questa tradizione troverebbe conferma nella dedica della prima chiesa di Affile a S. Pietro. Fu presso questa chiesa che il giovane Benedetto da Norcia, fuggendo da Roma, prese dimora con la sua nutrice.

Nel II° libro dei "Dialoghi", S. Gregorio Magno riferisce, infatti, del primo miracolo operato da S. Benedetto in Affile. Il prodigio suscito tanto stupore negli abitanti del luogo.che il vaglio risanato rimase appeso sulla porta della chiesa, fino ai "tempi dei Longobardi" come testimonia lo stesso S. Gregorio Magno all'epoca in cui scrisse i dialoghi: 593-594.

In seguito Benedetto allontanandosi da Affile, fondera sulle rovine morali e materiali del mondo romano l'ordine benedettino. Anche Affile, entrando a far parte del feudo abbaziale, si lega alle vicende storiche del Monastero di Subiaco, centro propulsore della vita della regione. Fino al 1639 per la giurisdizione episcopale su Affile era esercitata dal Vescovo di Palestrina.

Urbano VIII, nel luglio del 1639, ratifico la transazione tra il Commendatario ed i Vescovi di Palestrina e di Anagni per cui anche il comune di Affile entrava nei confini territoriali dell'Abbazia "Nullius". Alcune date sono significative per la storia di questo paese che testimoniano nei tempi il carattere e la fierezza dell'antico popolo italico, oltre la religiosita come gia rilevato.

I principi di liberta e di fratellanza portati dalla Francia repubblicana avevano infatti indotto molti centri dell'abbazia sublacense ad aderire agli ideali politici introdotti da Napoleone. Le nuove idee non procurarono tuttavia i tanto desiderati effetti,al punto che quasi tutti i centri ben presto non esitarono ad abbattere il simbolico albero col berretto frigio, assunto come emblema di liberta.

Affile, invece, mantenne alta la bandiera della rivoluzione. Ma ne derivarono l'attacco e l'occupazione del paese il 5 giugno e 16 luglio 1799, per restaurare il governo pontificio, I1 22 aprile 1849, nel breve periodo della repubblica Romana, il Generale Giuseppe Garibaldi fu accolto dalle autorita civili, religiose e dall'intera popolazione con grande calore. All'eroe dei due Mondi venne offerto un bicchiere del famoso vino "Cesanese".

Il 17 settembre del 1870, tre giorni prima che i bersaglieri di Cadorna aprissero la breccia di Porta Pia, nella piazza di Affile venne issato il tricolore italiano. I rappresentanti del governo pontificio aprirono immediatamente un'inchiesta, che pero non produsse effetti per il susseguirsi degli eventi: lo Stato pontificio entrava infatti a far parte del Regno d'Italia. Queste sono tre tappe molto importanti nella storia di questo paese alle quali gli abitanti tengono in modo particolare in quanto sono la dimostrazione migliore del carattere di un popolo e del ruolo svolto nel corso degli anni.